数码世界的危机暂时平息，被选召的孩子们回到现实世界，努力将生活拉回正轨。清晨的阳光透过教室的窗户洒在课桌上，林夏盯着黑板上的数学公式，思绪却不自觉飘向数据海沟的战斗。圣辉仙女兽的声音突然在脑海中响起：“别走神，这道题用积分公式就能解开。”林夏吓了一跳，这才发现老师正站在面前，黑板上的例题己经写到了第三步骤。
课间休息时，素娜抱着素描本坐在操场长椅上，笔尖却迟迟没有落下。她的比丘兽从书包里探出头，用翅膀轻轻蹭了蹭她的手背：“还在想那些黑色结晶吗？”素娜叹了口气，翻开素描本，里面画满了战斗时数码宝贝受伤的场景，最新一页是圣辉仙女兽被腐蚀的羽翼。远处，大和靠在篮球架旁拨弄电吉他弦，琴弦发出的杂音让路过的同学纷纷侧目。
放学后，众人在公园的老槐树下碰头。太一抱着足球从书包里掏出数码终端，屏幕上跳动着几行数据：“虽然混沌能量的波动减弱了，但北极冰渊附近仍有异常反应。”阿武蹲在地上用树枝画着地图，天女兽悬浮在他肩头：“座天使兽说古代遗迹里还有未被解读的碑文，或许能找到对抗混沌本源的线索。”
这时，嘉儿突然指着远处惊呼：“快看！”几个孩子正在追逐一只橘色小猫，小猫灵巧地跃上围墙，尾巴却在阳光下闪烁着数码粒子的光芒。林夏立刻反应过来：“是数码宝贝！”众人悄悄跟在后面，看着小猫钻进废弃的仓库。仓库内堆积的纸箱间，几只小型数码兽正在搬运发光的晶体，晶体表面布满细小的黑色纹路。
“这些是被污染的数码能量结晶！”圣辉仙女兽的声音充满警惕。机械暴龙兽刚要发动攻击，林夏伸手拦住：“等等，这些数码兽看起来很害怕，不像在执行黑暗势力的命令。”他蹲下身子，释放出温和的星光之力，几只数码兽慢慢靠近，用鼻尖轻触他的指尖。其中一只形似仓鼠的数码兽颤抖着开口：“我们...我们被黑暗力量追赶，只能收集这些结晶保护自己。”
林夏等人将数码兽带回秘密基地——一间被数码能量隐藏的地下室。素娜用素描本为它们绘制临时住所，比丘兽帮忙搬运棉花和布料。大和调试着音响设备：“这里的隔音系统经过数码化改造，就算机械暴龙兽喷火也不会惊动外面。”阿岳则架起电脑，试图解析结晶中的数据：“这些黑色纹路像是某种追踪代码，只要启动结晶，黑暗势力就能找到持有者。”
深夜，林夏躺在床上翻来覆去睡不着。月光透过窗帘缝隙照在床头的齿轮残片上，残片突然发出微弱的蓝光，浮现出模糊的数码文字：“当光明与黑暗交织，命运之轮将再次转动。”圣辉仙女兽出现在床边，羽翼上的黑色结晶己经消退不少：“你在担心未来的战斗？”林夏坐起身：“那些黑暗回收者还在收集碎片，而且现实世界己经出现混沌能量渗透的迹象。”
与此同时，城市另一端的废弃工厂内，三个黑影正在检查收集到的数码核碎片。中间的黑暗回收者将一块碎片嵌入实验台，仪器屏幕上显示出北极冰渊的三维地图：“封印巨兽只是第一步，真正的核心在冰渊深处的混沌祭坛。”他身后的显示屏突然亮起，出现了林夏等人救助数码兽的画面，“看来被选召的孩子们还没放弃，正好利用这些‘善良’的举动，完成我们的计划。”
周末，林夏和太一约好去电玩城放松。两人在格斗机前激战正酣时，游戏画面突然扭曲，屏幕里伸出一只布满鳞片的爪子。周围的玩家惊恐尖叫，纷纷逃离。机械暴龙兽及时出现，一口火焰将怪物击退，但怪物在消失前，往地面扔下一块刻有混沌符文的黑色晶体。晶体接触地面瞬间，化作数据乱流钻入附近的电子设备。
“是黑暗势力的新手段！”林夏捡起晶体残骸，发现里面藏着微型定位装置。此时，数码终端传来素娜的紧急呼叫：“学校的电脑教室被入侵了！所有电脑都在播放奇怪的画面！”众人火速赶到学校，只见教室的投影幕布上循环播放着一个画面：黑暗回收者站在混沌祭坛前，手中握着完整的数码核，背景是正在崩解的数码世界与现实世界的屏障。
更糟糕的是，素娜发现学校的监控系统被篡改，所有摄像头都对准了他们的秘密基地。“不好！那些数码兽有危险！”众人立刻冲向基地，却发现入口处布满混沌能量陷阱。机械暴龙兽强行突破，内部却空无一人，只有地上散落着几团黑色羽毛——是比丘兽的！素娜捡起羽毛，声音哽咽：“它们被抓走了！”
数码终端突然响起陌生的通讯请求，接通后，黑暗回收者的声音传来：“想要救你们的小宠物？带着齿轮残片，明天午夜到中央码头。记住，别耍花样，否则它们将成为打开混沌祭坛的祭品。”画面中断前，众人看到仓鼠数码兽被关在能量牢笼里，身体正在被黑暗力量侵蚀。
林夏握紧齿轮残片，指节因用力而发白：“不管前方有什么陷阱，我们一定要救出它们。这次，我不会再让任何伙伴陷入危险。”圣辉仙女兽的羽翼重新亮起光芒：“我们一起面对。无论黑暗势力有多强大，只要我们的羁绊还在，就一定能找到胜利的方法。”
夜色渐深，城市的霓虹灯在江面上投下斑斓光影，却掩盖不住暗流涌动的危机。被选召的孩子们开始为即将到来的营救行动做准备，而中央码头的阴影中，一场精心策划的阴谋正在等待着他们...
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